Zebegény nevének kialakulására vonatkozó legrégebbi adatok a 13. századból maradtak fenn. A Baranya megyei Zebegény – mai nevén Szebény – Szent Mihályról nevezett bencés apátsága birtokos volt a „Zebegény-hegyi monostor”-ban (Szent Mihály hegy), mely a hegy Duna felé eső lejtőjére épült.
Egy 1295. szeptember 26-án kelt peres irat, a bencés kolostort „Monasterium de Zebeguen”-nak, azaz zebegényi monostornak nevezi.
Fuxhoffer, Damianus: Monasteriologia regni Hungariae, I., Veszprém, 1803., 227. p. a következőt írja Zebegény monostoráról:
LXXI. A ZEBEGÉNYI BOLDOGSÁGOS SZŰZ MÁRIA APÁTSÁG
„Többféleképp írják: szebegényi, szöbögényi és szöbögény-hegyi. Szent Márton fő monostorának (Pannonhalma) emlékeiből kiderül, hogy az esztergomi főegyházmegyében alapították, és 1251-ben már virágzott; hogy mikor hanyatlott le, semmiféle emlékből nem derül ki. Ha valaki a zebegényi apátság fennmaradását a mohácsi vészig szeretné kitolni, azt én készséggel megengedem, vagy inkább azért értek vele teljesen egyet, mert a bencés emlékeket olvasva felbukkan Henrik zebegényi apát emlékezete, aki 1342-ben a visegrádi Szent András egyházban tartott tartományi káptalanon a bencés apátok közül jelen volt, és a káptalani döntéseket aláírta. Nem is volt senki a bencés apátok közt, aki a visegrádi Szent Andráshoz közelebb lett volna mint ő, aki a Dunán átkelve monostorából egy óra alatt odaérhetett. Eme zebegényi monostor Hont megyében egy előre kiugró, sziklás, a Dunára támaszkodó és ezen oldalról csaknem megközelíthetetlen hegyen helyezkedett el. Mindmáig megőrizte az öreg hegy – melyet csupán a Duna választ el az Esztergom megyei Dömös birtoktól – a zebegényi nevet. Volt Dömösön az egyházi rendnek egy igen gazdag és ősrégi prépostsága, (társas káptalan) amely oly igen a zebegényi monostor látkörébe esett, hogy ahányszor csak a szerzetesek igen magasan fekvő monostorukból a Duna irányába lepillantottak, először ezen prépostságra esett tekintetük. Azt, hogy a régi monostornak valaminő romjai megvannak-e még, semmilyen hitelt érdemlő tanúbizonyságból nem tudom megerősíteni, és nem találkoztam senkivel, aki a tiszteletreméltó régiség megtekintése és megvizsgálása végett a roppant nagy hegyet meg akarta volna mászni. A monostor romjai előtt Dömös birtokról nézve látszik a hegy Duna felé eső lejtőjén három barlang, úgynevezett remetelakok, amelyeket a bencések ősi szokása szerint azok a szerzetesek laktak, akiknek Szent Benedek regulájában megengedte, hogy miután a közösségben hosszas gyakorlat révén megtanultak harcolni a testtel, a világgal és az ördöggel, folytathassanak magányos, remetei életet. A bencés rendnek még több efféle emléke fordul elő a Monasteriologiai Hungaro-Benedictina-ban, (Magyar bencés monostorok történetének könyve) ezeket a saját helyeiken jegyeztem fel.”
A XIV. századból találhatók még följegyzések arról,hogy Papy Miklós fia, Lőrincz, volt az apátság kegyura. E család a „magvaszakadtával” Zsigmond király 1396-ban a kegyúri jogot a Trentul testvérekre ruházta. 1483-ban a bencés monostor már elhagyott volt, amit ebben az állapotában Zsigmond pécsi püspök kért el a pápától.
A középkorban a monostor alatt (a mai Zebegény közigazgatási területén) kialakult Almás és Kovácsi kis települések a török idők alatt teljesen elpusztultak. A környék az 1660-as években a hadak felvonulási területévé vált.
Zebegény és térsége 1685 táján szabadult meg a töröktől. A térséget 1700-ban I. Lipót Marossal, Visegráddal, Kisoroszival és a mai Zebegénnyel együtt Ernst Rüdiger von Starhenberg császári hadvezérnek – az 1683-ban Bécs védőjének – adományozta. 1746-ban a család ezen ágának kihaltával a birtokot a kincstár visszaszerezte és újból koronauradalom lett. Ettől kezdve a visegrádi uradalomhoz tartozott, ahova magyar és tót favágók települtek be. 1735 táján Ulmban hajóra (Ulmer Schachtel) szálló német telepesek jöttek a vidékre.
Az 1749-ben összeírt urbárium szerint Zebegényben már 24 jobbágycsalád található, mely nevek között magyar, német és szláv hangzású nevek egyaránt vannak: Borda, Champp. Egidy, Frichtinger, Gimmer (2), Himmer, Horváth, Kardos, Kovaczky, Kovács, Lippay, Mikulas, Pintér, Pobjsek, Polack, Srinyár, Szabó, Szurma, Udvardy, Ulrich, Zebregt (2), Zibrinys,
A vegyes lakosságra utalnak a később megjelent és ma is még meglévő nevek, mint például: Forgách, Virágh, Kocsis, Kovács, Nagy, Pásztor, Szabó, (magyar) Dörflein, Fischer, Fiezl, Hirling, Himmer, Hock, Hoffmann, Krebsz, Ritzl, Walcz, Wetzl, (német) Adamek, Pohiba, Cservenák, Gabula, Gregor, Kemenczik, Skoda,(szláv). A korabeli írások a 19. század elején Zebegényt német-magyar-szlovák településként említik.
A község első temploma a Kálvária-domb sziklájába bevájt szentélyből és az elé épített helyiségből állt. Harangja 1749-ből való, mely jelenleg a Kós Károly tervezte templomban látható.
1828-ban a község lakóinak száma 554 fő, lakóházainak száma 92 db volt. Ekkor a foglalkozási ágak: földművelés, erdőgazdálkodás és egy vendégfogadó működtetése volt. Fő gazdaságai „szőlős hegyében, sok gyümölcsösében, tölgyerdőiben és vízimalmaiban” volt. A patakon működő vízimalmait a váci és esztergomi gazdák is igénybe vették.
1846-ban kezdik építeni a Budapest-Pozsony vasútvonalat, amelynek Vác-Párkánynána közötti szakaszát 1851-ben adják át a forgalomnak.
Ez Zebegényt is érintette. Ekkor épült meg a hétlyukú zebegényi vasúti boltozott völgyhíd, ami a maga nemében Magyarországon kiemelkedő ipari műemlék. Zebegény vasútállomást kapott. Az állomás épülete a monarchia stílusában épült. Eredeti formájával turisztikai látványosság.
A falu temetője a Kálvária-domb déli oldalában helyezkedik el. Fekvése, domborzati viszonyai és érdekes elrendezése miatt az ország egyik legszebb temetője. 1853-ban Fischer Borbála jóvoltából a Kálvária-dombon megépült a homlokzati tornyos, kis méretű, keletelt, klasszicista „kálvária kápolna”. Ebben az időben épült a kápolnához vezető út mellett a kilenc stációs ház; mindegyiken kis fülkében Jézus keresztútját ábrázoló kép. Feltehetően a XIX. század elején épült a kálvária észak-nyugati lábánál a Nepomuki Szent János kápolna (úti kápolna). Ekkor még meg voltak a kálvária domb tetején a rézkorból származó „földvár” maradványai. A börzsönyi várak leírásaiban, ezt a valamikori földvárat ma is jegyzik, melyet az 1930-as években feltártak, majd a helyére építették az Országzászló emlékhelyet.
Zebegény első iskolájának keletkezési ideje nem ismert. Az 1830-as években minden bizonnyal volt római katolikus iskolája az ősi sziklatemplom mellett, majd később a jelenlegi Bartóky utca 1. szám alatti ház helyén. Feljegyzés tanúskodik arról, hogy Dr. Robitsek Ferenc nagymarosi plébános kezdeményezésével, 1895-ben felépült egy „pompás” iskola és tanítói lakás az akkori Ferenc József téren. Ez az iskola ma is áll és működik. Az iskolához a telket, dr. Koperniczky Ferenc nagylövedi plébános, Zebegény szülöttje ajándékozta a községnek. Ezekben az évtizedekben községi tanítók voltak:
- 1830-as években: Reisz N
- 1836-42-es években: Niegreisz N
- 1842-44-es években: Kovács N
- 1844-71-es években: Scheily Lénárt
- 1871-73-as években: Jankovics Ernő
- 1873-94-es években: Leiszmeiszter Antal
- 1894-1934 években: Szvoboda Vince
Az iskola akkori padjait Wallenfeld Mihály kőbánya tulajdonos ajándékozta az intézménynek. (Az iskolában a mai napig megtekinthető a régi padok két példánya). Iskolaszék is működött, elnöke dr. Robitsek Ferenc volt.
1890-es években megszélesítik a hétlyukú vasúti völgyhidat, így már két pár vágányon közlekedhetnek a vonatok.
Zebegény egyik érdekes építészeti emléke a „Ferencz József Gyermektelep”, amely az 1896-os Millenniumi kiállításon „dohányjövedéki pavilon” volt. Az ezredéves kiállítás fából épült pavilonjait lebontásuk után értékesítették, s többek között, a „svájci renaissance” stílusban épült, dohányipart bemutató épületet a főváros vásárolta meg. Sajátos döntés; éppen e dohánypavilont választották arra, hogy Zebegényben felállítsák a főváros „miazmatikus levegője miatt beteges és testi fejlődésben elmaradt gyerekek” szünidei nyaralótelepéül. A döntés tartalmazta azt is, hogy háború esetén hadikórházként funkcionáljon
1896-ban, honfoglalásunk ezredik évfordulóján, emlékművet állítottak a vasútállomás alatti kis téren. Itt alakították ki a Millennium emlékparkot.
1899-ben majdnem megsemmisült a település. Óriási felhőszakadás volt, s ez a Bükkös árokban felhalmozódott, mivel korábban az árkot – szekérátjáró miatt – bánya-meddővel feltöltötték. A felgyülemlő víz átszakította, elsodorta a bánya-meddőt és a víz, házakat elsodorva, rázúdult a községre.
1908-1910. között Havas Boldogasszony tiszteletére épült a zebegényi plébánia templom, Kós Károly erdélyi politisztor (építész, író, néprajztudós) és Jánszky Béla tervei alapján, szecessziós stílusban az erdélyi templomok mintájára. Freskóit Kőrösfői Kriesch Aladár tervei alapján tanítványai készítették, Leszkovszky György tanársegéd, festőművész irányításával.
Az első világháború zebegényi áldozatainak, hősi halottainak neve a temetőben lévő emléktáblán olvasható.
Az 1900-as évek elejétől egyre ismertebbé vált Zebegény. Főleg a fővárosi polgárok közül egyre többen fölfedezték. Ekkor épülnek az első nyaralóházak, villák. Páratlanul szép természeti adottságai és kiváló, gyógyító levegője, valamint eredeti falusi arculata pezsgő nyaralóéletet indukált. 1924-ben Szőnyi István festőművész – aki elnyerte a Szinyei társaság első ízben kiadott nagydíját – feleségül vette, a zebegényi nyaraló tulajdonos, földművelésügyi államtitkár Bartóky József kisebbik lányát, Bartóky Melindát és nem sokkal később zebegénybe költöztek.
Ha Zebegény történetében mérföldköveket állítanánk, akkor az egyik jelentős mérföldkövet 1910-26-ra kell állítani. Zebegény arculatának kialakulása és jövőképének meglapozása ide tehető.
Az új templom építése kapcsán megjelent Kos Károly és művésztársai, majd Szőnyi István és az általa létrejött művészkolónia jó értelemben megpecsételte Zebegény sorsát. A század első felében olyan pezsgő, magas szellemi színvonalú nyaralóéletnek lehettek tanúi elődeink, ami meg nem ismételhető. Így írt Szőnyi:
„A táj és az ember összefüggő és elválaszthatatlan egységét láttam meg Zebegényben, olyan környezetben, mely nagyon megfelelt elgondolásaimnak. Az én képeim témája ez a két dolog a világon, amihez legerősebb szálakkal vagyok hozzáfűzve: Zebegény és a családom…”
Ennek az időszaknak és ezen személyiségeknek köszönhetően vonult be Zebegény neve a művészettörténelembe. Szőnyi István „zebegényi remeteségét” a hosszú nyarakat itt eltöltő és alkotó művészek oldották föl, úgy mint Elekfy Jenő, Medveczky Jenő, Vass Elemér, Szobotka Imre, Berény Róbert, Aba Novák Vilmos, Bernáth Aurél. Ezekben az évtizedekben a helyi építkezés is stílusában átalakult. Sorra épülnek a polgári nyaralók, a szép környezetbe illő villák.
A teljesség igénye nélkül ezek felsorolva:
Dőry, Maróti, Sípőcz, Szepessy, Bartóky, gr. Károlyi, Tömösváry, Salamon, Koperniczky, Fehér, Rostagni, Pusztai, Medveczky, Sínay, Makláry, Szauer, Szulavy, Szőke, Kende, Antal, Berkó, Fischer, Tits, Gyarmathy, Huber, Kertész, Doby, Battlay, Farkas, Lőherer, Molnár, Szvoboda, Kuchta, Káromi, Kosztolányi, Kiszely, Kanitz, Rottman, Obriszt, Bausch, Lersch, Kacsóh, Lehner, Niewelt, Szatmáry, Bányai, Kappel, Fodor, Zoltai és az Encián Sport Egyesületé.
Hogy mennyire gazdag volt világszínvonalú eseményekben az évszázad ezen első fele, ezen belül is a 30-s évek, tanúskodik a Virág Egylet Zebegény és a maga nemében páratlan Országzászló és Hősök Emléke. A község fürdőhely jellegét hirdető és jótékonyságáról híres gróf Károlyi Lászlóné gr. Apponyi Franciska a község állandó lakója volt. 1931-ben alakult a VEZ, elnöke gróf Károlyi Lászlóné, akit az Egyesületben Napraforgónak neveznek. A VEZ tagjait virágokról, fákról és cserjékről nevezik el. Kb. 300 gyermek és 50 felnőtt tagja van. Belső életében teljes egyetértés van, nincs cím, rang és korkülönbség. Munkatársai önként vállalkoznak a nemes munkára, hogy Zebegény község gyermekeit játék, sport és szórakoztató munka közben neveljék vallásos, hazaszerető emberekké. Zebegény már ekkor kiemelkedik a magyar községek egyhangúságából.
Ugyancsak az 1930-as évek első felében Zebegény közössége elhatározta, hogy Országzászlót állít. Az Országzászló megtervezésével Maróti Géza nemzetközi hírű építészt, építőművészt, iparművészt bízták meg, aki zebegényi nyaralótulajdonos és őslakosnak vallotta magát. Az emlékmű megépítésére országos közadakozást kezdeményezett a zebegényi Dalkör. A szervezőbizottság úgy döntött, hogy ne csak Országzászló, hanem a hősi halottaknak, az első világháborúban elhunyt, Zebegényből származó katonáknak is állítsanak emléket. Így egy összetett szimbolikájú, nagyobb léptékű építmény megtervezése volt a feladat.
Egy nyolcszögletű fallal körülvett pódiumon, négy kőoszlop veszi körül az országzászló rúdját. Az eredeti tervek szerint a négy kőoszlop tetejére 1-1 hatalmas kettős kereszt került volna. A kettős keresztek akkor sajnos nem készültek el. Viszont 2015-ben a helyükre kerültek.
1944-ben Zebegényt is elérte a II. világháború közvetlen hatása. December 8-án három monitor horgonyzott le a Duna Zebegényi szakaszán. Tizenegy napon át szüntelenül tüzeltek a Törökmező irányába, feltehetően a szovjet csapatokra. December 19-én délután megszűnt az ágyúzás és eltávoztak a hajók. Délután 16.00 és 17.00 óra között, Törökmező felől a Malom-patak két oldalán 300 szovjet katona nyomult be a községbe. A harcokban hét szovjet katona esett el, akiket ideiglenesen az iskola előtt, majd véglegesen a temetőben helyezték örök nyugalomra. Két magyar katona is áldozatul esett, ők is a temetőben nyugszanak.
1945. január 5-e szomorú dátum a község történelmében. Ez volt ugyanis a megtorlás kezdete.
Mint német ajkú településről, 111 férfit és nőt írtak össze és hurcoltak el, kényszermunkára „málenkij robot”-ra, a Szovjetunió ukrajnai területeire. Harmincan soha nem tértek vissza, ismeretlen helyen nyugszanak. Akik a keserves megpróbáltatásokat túlélték, betegen, legyengülve két és fél év után tértek haza. Az utolsó hazatérők 1947. július 28-án szálltak le a vonatról. A település lakói több, mint 60 év után is szomorúan emlékeznek eme gyászos eseményre. A megpróbáltatások két és fél évére a temetőben elhelyezett tábla emlékeztet.
1945. április-májusban négy párt alakult Zebegényben: Szociáldemokrata, Független Kisgazda, Magyar Kommunista és Nemzeti Parasztpárt. 1948-ban diktatórikus módon megszűnt a többpártrendszer és lett egy párt, a Magyar Dolgozók pártja. Ekkor jött létre az ifjúsági szervezet, amelyet először MADISZ-nak, aztán SZIT-nek, majd DISZ-nek neveztek. Megalakult a helyi Nemzeti Bizottság, a közrend, a közellátás és termelés megindítása céljából. Leegyszerűsítve ekkor kezdődött el a beszolgáltatási kényszer, a „padlástakarítás”. Földosztás Zebegényben nem volt. 1949-ben megalakították a Függetlenségi Népfrontot. Kezdeti időszakban a helyi közigazgatás tisztségviselői még a bíró, a törvénybíró és a közgyám voltak. Mint mindenhol, itt is a hatalom legfőbb helyi képviselője a párttitkár volt.
1950-ben alakult meg a tanácsrendszer. Az első tanácselnök Gyatyel Károly volt, majd lemondása után 3 hónapig Krébesz Károly. 1952-től Kemenczik Antal, 1954-től Himmer Lőrincz, 1958-tól Krebsz István, 1967-től Gábor Pál, és 1968-tól Prétyi Józsefné egészen a rendszerváltozásig, 1989-ig. Tanácstitkárok voltak ebben az időszakban: Dévényi Ferenc, Brégyik László, Takács Teréz, Dunai György, Martin Jenő, Gábor Pál, Mundi József és Flaskay Kálmán.
Ebben az időben a községfejlesztés fő célkitűzése járdaépítés, csapadékvíz elvezetés, hidak építése, utak kövezése és parkok építése volt. Fontos feladat volt a község egészséges, ivóvízzel történő ellátása. A község közterületein lévő nyolc ásott kút mellett egyedül, a ma is bővizű, Erzsébet forrás vize volt kifogástalan. 1957-ben elkezdték az Erzsébet forrásra alapított törpe vízmű építését.
1958-ban a község területe 17 kat. holddal növekedett, mert ekkor csatolták a Bőszobi patak jobb oldalán lévő újvölgyi részt Zebegényhez. 1964-ben a rossz állapotban lévő Országzászlót és Hősi Emlékművet rendbe hozták és az Országzászló köré kilátót építettek. Az 1960-as évek elején a mezőgazdaság, mint megélhetési forrás teljesen elsorvadt. 1961-ben formálisan létrehoztak egy termelőszövetkezetet, mellyet 1962-ben hozzácsatolták a szobi-, majd a gödi termelőszövetkezethez.
A községben 1961-ben hozták létre a Mészkőásvány őrlő üzemet.
Az 1941. évi 881 lakoshoz képest, az 1960-as évek elején 1341 lakosa volt a településnek. Az 1960-as évek elején épült ki a Naphegyi településrész. 1962-ben a „Maróti villa” átalakításával létrehoztak egy szülőotthont, 15 ággyal, ahol évente több mint 300 kisgyermek született.
A háború után államosított villákból üdülőket alakítottak ki, összesen nyolcat, ahol kéthetenként 535-en üdültek. 1948-49-ben megkezdődött a nyolc tantermes általános iskola kiépítése, ami 1955-56-ban fejeződött be. A háború előtt (1894-1948-ig) két tanteremben, két tanító oktatott összesen 90-140 tanulót, kettéosztva I.-II. és III.-IV.-V.-VI. osztályra. A zebegényi általános iskolában már 1959-ben megkezdődött a szervezett zeneoktatás.
Szőnyi István halála után 1967-ben lakóházából Emlékmúzeumot alakítottak ki. 1968-ban a „Tömösváry” villában klubkönyvtárat hoztak létre, ami az épület privatizációja után, 1997-ben a Koperniczky házban kapott helyet.
Az 1970-as évekre tehető a volt mezőgazdasági területek parcellázása és egy kiterjedt üdülőövezet létrehozása. Ezzel az 1900-as évek első felének hangulatos családias nyaralóélete átalakult a hétvégi házas életmódra.
Az 1980-as években egyre erőteljesebben foglalkoztak a Bős-Nagymaros vízlépcső megépítésével. Ennek előkészítő munkálatai évekre megpecsételték a település sorsát.
Zebegény lakosságának száma körülbelül 1200 fő, ami a nyári időszakban, a nyaralókkal megháromszorozódik. A lakóingatlanok száma 360, a nyaralóépületek száma 680.